conf/server.xml の Connector ディレクティブに URIEncoding でエンコードを指定してください。
<Connector port="8080" protocol="HTTP/1.1" redirectPort="8443" URIEncoding="UTF-8" />
特定のアプリケーションだけにエンコードを指定したい場合は、サーブレットフィルタ org.seasar.cubby.filter.EncodingFilter の初期化パラメータで URI のエンコードを指定することで文字化けを解消することもできます。
<filter> <filter-name>encodingFilter</filter-name> <filter-class>org.seasar.cubby.filter.EncodingFilter</filter-class> <init-param> <param-name>encoding</param-name> <param-value>UTF-8</param-value> </init-param> <init-param> <param-name>URIEncoding</param-name> <param-value>UTF-8</param-value> </init-param> </filter>